Usytuowanie Torunia, czyli bliskość rzeki i oferowana przez nią możliwość łatwego przemieszczanie się, sprawiło, iż na tych terenach pierwsi osadnicy pojawiali się już 9 tys. lat p.n.e. To właśnie przez Toruń przechodził znany w średniowieczu bursztynowy szlak. W miejscu, w którym współcześnie znajduje się Stare Miasto w Toruniu założono pierwszy gród, w którym osiedlili się przedstawiciele kultury łużyckiej.

Osada, jaką założono na ziemi chełmińskiej, przetrwała najprawdopodobniej do końca XII wieku. Zniszczona w wyniku najazdów pruskich, umożliwiła osadnictwo w tym rejonie Krzyżakom. Pierwsze wzmianki o pojawieniu się Zakonu pochodzą z około 1230 roku.

Krzyżacki gród otrzymał prawa miejskie 13 sierpnia 1264 roku. Do połączenia dwóch powstałych nieopodal siebie miast doszło w 1454 roku. Lokalizacja Torunia, sprawiła że już w 1280 roku, miasto należało do Hanzy, niezwykle istotnej wówczas organizacji handlowej. Z czasem Toruń mianowano na sekretarza Hanzy, co wpłynęło na szybki rozwój miasta. Wybudowano pierwsze kościoły oraz ratusz, a liczba mieszkańców sięgała wtedy 20 000 osób.

Bardzo ważne wydarzenie, z jakim wiąże się historia Torunia to zawarcie I pokoju toruńskiego. Miało to miejsce 1 lutego 1411 roku. Mieszkańcy nie byli zadowoleni z sytuacji protektoratu Krzyżaków, dlatego też wybuchło powstanie. Do pierwszych antykrzyżackich rozruchów doszło w 1454 roku. Powstańcy doprowadzili do zburzenia zamku krzyżackiego. W ten sposób zapoczątkowano polsko-krzyżacką wojnę trzynastoletnią. Zaangażowanie mieszkańców zwiększyły przywileje, jakie w 1454 roku król polski nadał szlachcie. Wojna zakończyła się zawarciem II pokoju toruńskiego, dokładnie19 października 1466 roku. Na mocy tego aktu Toruń oraz Prusy Królewskie dołączono do państwa Polskiego.

Czasy świetności Torunia przypadają na przełom XVI i XVII wieku, kiedy to miasto znane było jako punkt handlowy na wiślanym szlaku. Transportowano w tym rejonie przede wszystkim zboża i drewno. Toruń rozwijał się również pod względem kulturalnym. Modernizacjach budynków na bardziej renesansowe oraz działalność artystycznych organizacji, ubogacały miasto. Do dziś Toruń słynie z wyrobów złotniczych. Jednak najbardziej przełomowe wydarzenie w dziejach miasta to narodziny Mikołaja Kopernika. Astronom przyszedł na świat 19 lutego 1473 roku w kamienicy przy ul. Św. Anny (dziś już ulica Mikołaja Kopernika).

Trudny okres w historii miasta to czasy potopu szwedzkiego. Po wybudowaniu rozległej fortyfikacji, Toruń stał się jednym z najlepiej chronionych miejsc w kraju. To jednak nie pomogło podczas bombardowania miasta przez Szwedów w 1703 roku. Zniszczeniu uległ wówczas miejski ratusz oraz wiele kościołów. Pięć lata później Toruń nawiedziła epidemia dżumy, która zabiła ponad 4 tys. osób w ciągu jedynie kilku miesięcy. Pierwszy rozbiór Polski osłabił handlowe znaczenie miasta, które nadal należało do Polski. Na mocy II rozbioru, Toruń znalazł się w Królestwie Prus. W tym czasie liczba mieszkańców wynosiła zaledwie 6 tys. Kolejne zmiany nastąpiły 7 lipca 1807 roku, kiedy to Toruń włączono do Księstwa Warszawskiego. Miasto ponownie należało do Prus od 22 września 1815 roku (po klęsce Napoleona).

Okres I wojny światowej dla Torunia przyniósł kolejne zmiany. Po opuszczeniu przez Niemców miasta (18 stycznia 1920 roku) rozpoczęto silną odnowę dawnego ośrodka naukowego i kulturalnego Polski. Powstała sieć dróg, wybudowano wiele budynków mieszkalnych i instytucjonalnych, uruchomiono Rozgłośnię Pomorską Polskiego Radia oraz otwarto drugi most przez Wisłę. Statystyki wskazują, że do 1939 roku w Toruniu mieszkało prawie 80 000 osób. II woja światowa nie odbiła się mocno na Toruniu. Wojska Wehrmachtu zajęły miasto już 7 września 1939 roku. Przydzielono go do prowincji Gdańsk-Prusy Zachodnie, aż do momentu wkroczenia Armii Czerwonej w 1945 roku.

Czasy PRL-u nie wpłynęły pozytywnie na rozwój Torunia. Niemniej jednak uruchomiono Uniwersytet Mikołaja Kopernika, który obecnie stanowi jedną z najlepszych uczelni wyższych w Polsce. Pierwsze poważne zmiany administracyjne nastąpiły 1 czerwca 1975 roku, kiedy to Toruń ogłoszono stolicą województwa toruńskiego. Natomiast 1 stycznia 1999 roku w wyniku reformy, miasto stało się współstolicą województwa kujawsko-pomorskiego. Miasto zyskało status ośrodka naukowo-turystycznego po 1989 roku. Wypływ na to miały nowe inwestycyjne w regionie. Jedną z nich było rozbudowywanie, istniejącego i coraz bardziej popularnego Uniwersytet Mikołaja Kopernika. Ponadto na terenie miasta założono inne uczelnie wyższe oraz hotele i muzea. Od 1997 roku zespół Starego i Nowego Miasta oraz pozostałości po Zamku Krzyżackim znajdują się na Liście Światowego Dziedzictwa Kulturowego UNESCO. Natomiast w 2004 roku miasto ogłoszono ogólnopolską siedzibą Ligi Polskich Miast i Miejsc UNESCO. Jednym z nowszych projektów toruńskich jest budowa strefy inwestycyjnej Crystal Park w podtoruńskich Łysomicach. Od 2007 Toruń stara się o uzyskanie tytułu Europejskiej Stolicy Kultury 2016.